Bagapsh var valgt som præsident for udbryderrepublikken Abkhasien, der efter Ruslands angreb på Georgien i 2008 erklærede selvstændighed med Ruslands begunstigelse. Han forsøgte ihærdigt at opnå gode relationer med Georgiens centraladministration, for bl.a. at få gang i økonomien, men uden held. Til gengæld fik han oparbejdet bedre relationer til EU, selvom landet aldrig blev anerkendt af unionen.
Bagapsh har de seneste år været under hårdt pres fra oppositionen, særligt den Abkhasisk-nationalistiske tidligere KGB-agent og premierminister Raul Khajimba. Khajimba stiller efter al sandsynlighed op som kandidat til at blive Bagapsh’ efterfølger.
Sergei Bagapsh blev 62 år.